Replacing genome variant annotation, filtering and interpretation software
Stichting Amsterdam UMC
Data from the sequencer is processed through a bioinformatics pipeline (currently GATK, soon transitioning to DRAGEN), which outputs all possible variants relative to the reference genome in tabular form in a VCF file. This VCF file is imported into the software, where annotation first takes place: all valid variants are separated from invalid variants based on quality parameters. Because this results in a large number of variants, they are subsequently filtered based on laboratory defined criteria, such as genomic position, population frequency, known pathogenicity based on literature or insilico prediction tools. All remaining variants must then be interpreted using various tools/databases. The software supports the use and visualisation of data from these tools, enabling fast and efficient interpretation — including through an AI tool that proposes the most likely causal variant for the disorder. software will be used by more or less 200 personel for diagnostics and research purposes. estimated value is based on 8 years
DeadlineDe termijn voor de ontvangst van de offertes was 2026-05-11. De aanbesteding werd gepubliceerd op 2026-03-18.
Wie? Wat? Waar?| Datum | Document |
|---|---|
| 2026-03-18 | Aankondiging van een opdracht |
| 2026-03-19 | Aankondiging van een opdracht |
| 2026-04-29 | Aankondiging van een opdracht |
| 2026-05-13 | Aankondiging van een opdracht |
Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Titel: Replacing genome variant annotation, filtering and interpretation software
Referentienummer: Rd
Korte beschrijving:
“Data from the sequencer is processed through a bioinformatics pipeline (currently GATK, soon transitioning to DRAGEN), which outputs all possible variants...”
Soort contract: Leveringen
Producten/diensten: Medische software 📦
Geschatte waarde exclusief BTW: 2360000.0 EUR 💰
Andere beperkingen op de plaats van uitvoering: Overal in het desbetreffende land
Beschrijving
Interne identificatiecode: 1
Geschatte waarde exclusief BTW: 2800000.0 EUR 💰
Beschrijving van de aanbesteding:
“Data from the sequencer is processed through a bioinformatics pipeline (currently GATK, soon transitioning to DRAGEN), which outputs all possible variants...”
Soort contract: Leveringen
Producten/diensten: Medische software 📦
Het gebruik van criteria inzake de toegankelijkheid voor personen met een handicap in de technische specificaties: Er zijn geen criteria opgenomen inzake de toegankelijkheid voor personen met een handicap, om de volgende reden
Rechtvaardiging:
“does not apply”
Hoofdlocatie of plaats van uitvoering:
“Amsterdam”
Land: Nederland 🇳🇱
Duur: 96 (MONTH)
Het onderstaande tijdschema is uitgedrukt in aantal maanden.
Maximumaantal verlengingen: 2
Overige informatie over verlengingen:
“4+2+2”
Informatie over opties
Opties ✅
Beschrijving van de opties:
“During the entire term of the agreement, additional services or cutting‑edge applications may become part of the agreement and can be added to the deliverables.”
Gunningscriteria
Kwaliteitscriterium (naam): Annex I9b Program of Requirements Functional and list of wishes
Kwaliteitscriterium (weging): 28
Kwaliteitscriterium (naam): Usecases
Kwaliteitscriterium (weging): 42
Prijs ✅
Prijs (weging): 30
Titel
Identificatienummer van de partij: LOT-0000
Procedure
Soort procedure
Openbare procedure ✅
Rechtsgrondslag: Richtlijn 2014/24/EU
Administratieve informatie
Termijn voor de ontvangst van inschrijvingen of verzoeken tot deelneming: 2026-05-11 12:00:00 📅
Voorwaarden voor de opening van de offertes: 2026-05-18 13:00:00 📅
Talen waarin inschrijvingen of aanvragen tot deelneming kunnen worden ingediend: Nederlands 🗣️
Minimumtermijn gedurende welke de inschrijver de offerte gestand moet doen: 6
Voorwaarden voor inschrijving
Een geavanceerd(e) of gekwalificeerd(e) elektronisch(e) handtekening of zegel (zoals omschreven in Verordening (EU) nr. 910/2014) is vereist
Een combinatie van inschrijvers aan wie een opdracht wordt gegund, moet een bepaalde rechtsvorm aannemen ✅
Openingsdatum: 2026-05-18 13:00:00 📅
Talen waarin inschrijvingen of aanvragen tot deelneming kunnen worden ingediend: Nederlands 🗣️
Elektronische facturering: Vereist
Termijn voor verzoeken om aanvullende informatie: 2026-04-20 13:00:00 📅
Gunningscriteria
Wegingstype: Gewicht (punten, exact)
Juridische, economische, financiële en technische informatie
Voorwaarden voor deelname
Rechtsvorm van de combinatie van ondernemers aan wie de opdracht wordt gegund:
“Combination statement”
Aanbestedende dienst
Naam en adressen
Naam: Stichting Amsterdam UMC
Nationaal registratienummer: 31644435
Afdeling: genoom diagnostiek
Postadres: De Boelelaan 1117
Postcode: 1081HV
Poststad: Amsterdam
Regio: nl32b 🏙️
Land: Nederland 🇳🇱
Contactpunt: Rick van den Dolder
E-mail: r.vandendolder@amterdamumc.nl 📧
Telefoon: +31 0625223988 📞
URL: https://www.amsterdamumc.nl/ 🌏
Type aanbestedende dienst
Publiekrechtelijke instelling
Hoofdactiviteit
Gezondheid
Communicatie
Documenten URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/416368 🌏
Deelname URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/416368 🌏
Elektronische indiening: Vereist
Aanvullende informatie
Herzieningsprocedure
Precieze informatie over de termijn(en) voor herzieningsprocedures:
“20”
Informatie over elektronische workflows
Elektronische facturering wordt aanvaard
Bron: OJS 2026/S 055-191963 (2026-03-18)
Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Geschatte waarde exclusief BTW: 2360000.0 EUR 💰
Beschrijving
2800000.0 EUR 💰
Procedure
Administratieve informatie
Termijn voor de ontvangst van inschrijvingen of verzoeken tot deelneming: 2026-05-17 23:59:00 📅
Voorwaarden voor de opening van de offertes: 2026-05-18 09:00:00 📅
Voorwaarden voor inschrijving
Openingsdatum: 2026-05-18 09:00:00 📅
Aanbestedende dienst
Communicatie
Documenten URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/416539 🌏
Deelname URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/416539 🌏
Wijzigingen
Andere aanvullende informatie
“aanpassing in planning”
Voornaamste reden voor de wijziging: Correctie koper
Informatie over wijzigingen
Versie van de eerdere aankondiging die moet worden gewijzigd: 02a42e09-14d0-4c1a-a570-b87c6df0eacb-01
Bron: OJS 2026/S 056-193289 (2026-03-19)
Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Geschatte waarde exclusief BTW: 2360000.0 EUR 💰
Beschrijving
2800000.0 EUR 💰
Procedure
Administratieve informatie
Termijn voor de ontvangst van inschrijvingen of verzoeken tot deelneming: 2026-05-20 12:00:00 📅
Voorwaarden voor de opening van de offertes: 2026-05-20 12:15:00 📅
Voorwaarden voor inschrijving
Openingsdatum: 2026-05-20 12:15:00 📅
Aanbestedende dienst
Communicatie
Documenten URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/423212 🌏
Deelname URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/423212 🌏
Wijzigingen
Andere aanvullende informatie
“Due to a delay in answering the second Clarification Note, the associated dates have been adjusted. The Contracting Authority has updated the planning...”
Voornaamste reden voor de wijziging: Informatie bijgewerkt
Informatie over wijzigingen
Versie van de eerdere aankondiging die moet worden gewijzigd: 40ffef35-5b77-41b0-9e31-e80db5141a4e-01
Bron: OJS 2026/S 084-296364 (2026-04-29)
Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Geschatte waarde exclusief BTW: 2360000.0 EUR 💰
Beschrijving
2800000.0 EUR 💰
Procedure
Administratieve informatie
Termijn voor de ontvangst van inschrijvingen of verzoeken tot deelneming: 2026-06-08 12:00:00 📅
Voorwaarden voor de opening van de offertes: 2026-06-08 12:15:00 📅
Voorwaarden voor inschrijving
Openingsdatum: 2026-06-08 12:15:00 📅
Termijn voor verzoeken om aanvullende informatie: 2026-05-20 14:00:00 📅
Aanbestedende dienst
Communicatie
Documenten URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/425134 🌏
Deelname URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/425134 🌏
Wijzigingen
Andere aanvullende informatie
“It has been decided to add a third Clarification Note to this tender, which also requires adjustments to the subsequent dates. A further notice with...”
Voornaamste reden voor de wijziging: Informatie bijgewerkt
Informatie over wijzigingen
Versie van de eerdere aankondiging die moet worden gewijzigd: 2f81c303-6f05-46fb-ad89-4aad4ae81de3-01
Bron: OJS 2026/S 094-339113 (2026-05-13)
- Software en informatiesystemen (>20 nieuwe aankopen)