Replacing genome variant annotation, filtering and interpretation software

Stichting Amsterdam UMC

Data from the sequencer is processed through a bioinformatics pipeline (currently GATK, soon transitioning to DRAGEN), which outputs all possible variants relative to the reference genome in tabular form in a VCF file. This VCF file is imported into the software, where annotation first takes place: all valid variants are separated from invalid variants based on quality parameters. Because this results in a large number of variants, they are subsequently filtered based on laboratory defined criteria, such as genomic position, population frequency, known pathogenicity based on literature or insilico prediction tools. All remaining variants must then be interpreted using various tools/databases. The software supports the use and visualisation of data from these tools, enabling fast and efficient interpretation — including through an AI tool that proposes the most likely causal variant for the disorder. software will be used by more or less 200 personel for diagnostics and research purposes. estimated value is based on 8 years

Deadline

De termijn voor de ontvangst van de offertes was 2026-05-11. De aanbesteding werd gepubliceerd op 2026-03-18.

Wie? Wat? Waar?
Aankoopgeschiedenis
Datum Document
2026-03-18 Aankondiging van een opdracht
2026-03-19 Aankondiging van een opdracht
2026-04-29 Aankondiging van een opdracht
2026-05-13 Aankondiging van een opdracht
2026-06-01 Aankondiging van een opdracht
Aankondiging van een opdracht (2026-03-18)
Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Titel: Replacing genome variant annotation, filtering and interpretation software
Referentienummer: RD
Korte beschrijving:
Data from the sequencer is processed through a bioinformatics pipeline (currently GATK, soon transitioning to DRAGEN), which outputs all possible variants relative to the reference genome in tabular form in a VCF file. This VCF file is imported into the software, where annotation first takes place: all valid variants are separated from invalid variants based on quality parameters. Because this results in a large number of variants, they are subsequently filtered based on laboratory defined criteria, such as genomic position, population frequency, known pathogenicity based on literature or insilico prediction tools. All remaining variants must then be interpreted using various tools/databases. The software supports the use and visualisation of data from these tools, enabling fast and efficient interpretation — including through an AI tool that proposes the most likely causal variant for the disorder. software will be used by more or less 200 personel for diagnostics and research purposes. estimated value is based on 8 years
Toon meer
Soort contract: Leveringen
Producten/diensten: Medische software 📦
Geschatte waarde exclusief BTW: 2360000.0 EUR 💰
Andere beperkingen op de plaats van uitvoering: Overal in het desbetreffende land
Beschrijving
Interne identificatiecode: 1
Geschatte waarde exclusief BTW: 2800000.0 EUR 💰
Het gebruik van criteria inzake de toegankelijkheid voor personen met een handicap in de technische specificaties: Er zijn geen criteria opgenomen inzake de toegankelijkheid voor personen met een handicap, om de volgende reden
Rechtvaardiging: does not apply
Hoofdlocatie of plaats van uitvoering: Amsterdam
Land: Nederland 🇳🇱
Duur: 96 maanden
Maximumaantal verlengingen: 2
Overige informatie over verlengingen: 4+2+2
Informatie over opties
Opties ✅
Beschrijving van de opties:
During the entire term of the agreement, additional services or cutting‑edge applications may become part of the agreement and can be added to the deliverables.
Gunningscriteria
Kwaliteitscriterium (naam): Annex I9b Program of Requirements Functional and list of wishes
Kwaliteitscriterium (weging): 28
Kwaliteitscriterium (naam): Usecases
Kwaliteitscriterium (weging): 42
Prijs ✅
Prijs (weging): 30
Titel
Identificatienummer van de partij: LOT-0000

Procedure
Soort procedure
Openbare procedure ✅
Rechtsgrondslag: Richtlijn 2014/24/EU
Administratieve informatie
Termijn voor de ontvangst van inschrijvingen of verzoeken tot deelneming: 2026-05-11 12:00:00 📅
Voorwaarden voor de opening van de offertes: 2026-05-18 13:00:00 📅
Talen waarin inschrijvingen of aanvragen tot deelneming kunnen worden ingediend: Nederlands 🗣️
Minimumtermijn gedurende welke de inschrijver de offerte gestand moet doen: 6 maanden
Voorwaarden voor inschrijving
Een geavanceerd(e) of gekwalificeerd(e) elektronisch(e) handtekening of zegel (zoals omschreven in Verordening (EU) nr. 910/2014) is vereist
Een combinatie van inschrijvers aan wie een opdracht wordt gegund, moet een bepaalde rechtsvorm aannemen ✅
Openingsdatum: 2026-05-18 13:00:00 📅
Elektronische facturering: Vereist
Termijn voor verzoeken om aanvullende informatie: 2026-04-20 13:00:00 📅
Gunningscriteria
Wegingstype: Gewicht (punten, exact)

Juridische, economische, financiële en technische informatie
Voorwaarden voor deelname
Rechtsvorm van de combinatie van ondernemers aan wie de opdracht wordt gegund: Combination statement

Aanbestedende dienst
Naam en adressen
Naam: Stichting Amsterdam UMC
Nationaal registratienummer: 31644435
Afdeling: genoom diagnostiek
Postadres: De Boelelaan 1117
Postcode: 1081HV
Poststad: Amsterdam
Regio: Groot-Amsterdam 🏙️
Land: Nederland 🇳🇱
Contactpunt: Rick van den Dolder
E-mail: r.vandendolder@amterdamumc.nl 📧
Telefoon: +31 0625223988 📞
URL: https://www.amsterdamumc.nl/ 🌏
Type aanbestedende dienst
Publiekrechtelijke instelling
Hoofdactiviteit
Gezondheid
Communicatie
Documenten URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/416368 🌏
Deelname URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/416368 🌏
Elektronische indiening: Vereist

Aanvullende informatie
Herzieningsprocedure
Precieze informatie over de termijn(en) voor herzieningsprocedures: 20
Informatie over elektronische workflows
Elektronische facturering wordt aanvaard
Bron: OJS 2026/S 055-191963 (2026-03-18)
Aankondiging van een opdracht (2026-03-19)
Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Geschatte waarde exclusief BTW: 2360000.0 EUR 💰
Beschrijving
2800000.0 EUR 💰

Procedure
Administratieve informatie
Termijn voor de ontvangst van inschrijvingen of verzoeken tot deelneming: 2026-05-17 23:59:00 📅
Voorwaarden voor de opening van de offertes: 2026-05-18 09:00:00 📅
Voorwaarden voor inschrijving
Openingsdatum: 2026-05-18 09:00:00 📅

Aanbestedende dienst
Communicatie
Documenten URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/416539 🌏
Deelname URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/416539 🌏

Wijzigingen
Andere aanvullende informatie
aanpassing in planning
Voornaamste reden voor de wijziging: Correctie koper
Informatie over wijzigingen
Versie van de eerdere aankondiging die moet worden gewijzigd: 02a42e09-14d0-4c1a-a570-b87c6df0eacb-01
Bron: OJS 2026/S 056-193289 (2026-03-19)
Aankondiging van een opdracht (2026-04-29)
Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Geschatte waarde exclusief BTW: 2360000.0 EUR 💰
Beschrijving
2800000.0 EUR 💰

Procedure
Administratieve informatie
Termijn voor de ontvangst van inschrijvingen of verzoeken tot deelneming: 2026-05-20 12:00:00 📅
Voorwaarden voor de opening van de offertes: 2026-05-20 12:15:00 📅
Voorwaarden voor inschrijving
Openingsdatum: 2026-05-20 12:15:00 📅

Aanbestedende dienst
Communicatie
Documenten URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/423212 🌏
Deelname URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/423212 🌏

Wijzigingen
Andere aanvullende informatie
Due to a delay in answering the second Clarification Note, the associated dates have been adjusted. The Contracting Authority has updated the planning accordingly and incorporated the revised deadlines into the tender documentation.
Voornaamste reden voor de wijziging: Informatie bijgewerkt
Informatie over wijzigingen
Versie van de eerdere aankondiging die moet worden gewijzigd: 40ffef35-5b77-41b0-9e31-e80db5141a4e-01
Bron: OJS 2026/S 084-296364 (2026-04-29)
Aankondiging van een opdracht (2026-05-13)
Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Geschatte waarde exclusief BTW: 2360000.0 EUR 💰
Beschrijving
2800000.0 EUR 💰

Procedure
Administratieve informatie
Termijn voor de ontvangst van inschrijvingen of verzoeken tot deelneming: 2026-06-08 12:00:00 📅
Voorwaarden voor de opening van de offertes: 2026-06-08 12:15:00 📅
Voorwaarden voor inschrijving
Openingsdatum: 2026-06-08 12:15:00 📅
Termijn voor verzoeken om aanvullende informatie: 2026-05-20 14:00:00 📅

Aanbestedende dienst
Communicatie
Documenten URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/425134 🌏
Deelname URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/425134 🌏

Wijzigingen
Andere aanvullende informatie
It has been decided to add a third Clarification Note to this tender, which also requires adjustments to the subsequent dates. A further notice with instructions will follow, providing additional explanation and outlining UMC’s expectations
Voornaamste reden voor de wijziging: Informatie bijgewerkt
Informatie over wijzigingen
Versie van de eerdere aankondiging die moet worden gewijzigd: 2f81c303-6f05-46fb-ad89-4aad4ae81de3-01
Bron: OJS 2026/S 094-339113 (2026-05-13)
Aankondiging van een opdracht (2026-06-01)
Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Geschatte waarde exclusief BTW: 2360000.0 EUR 💰
Beschrijving
2800000.0 EUR 💰

Aanbestedende dienst
Communicatie
Documenten URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/427170 🌏
Deelname URL: https://www.tenderned.nl/aankondigingen/overzicht/427170 🌏

Aanvullende informatie
Aanvullende informatie
Dear Sir/Madam, In the context of the ongoing procurement procedure, we hereby inform you of a decision taken by the contracting authority. After reviewing the questions submitted and noting the limited number of substantive requests for amendments to the agreement and its applicable terms and conditions, we have concluded that the current procedure will not lead to a successful outcome. In particular, the references made to suppliers’ own terms and conditions—rather than concrete proposals for amendments submitted through the Q&A process—prevent us from establishing a level playing field and a legally robust agreement within the procurement framework. Our preference was to address any proposed adjustments to the agreement through the formal Q&A process, ensuring that all tenderers could participate under equal and transparent conditions. However, the nature and scope of the questions received indicate that this is not feasible within the current setup. For this reason, the contracting authority has decided to withdraw the procurement procedure in its current form. We intend to engage in discussions with a number of market parties to explore under which conditions an agreement could be successfully concluded. Based on the insights gained from this market consultation, we may consider publishing a shortened procedure at a later stage with other term and conditions. We thank you for your efforts to date and will keep you informed of any further steps. Yours sincerely, Rick van den Dolder Stichting Amsterdam UMC.
Toon meer

Wijzigingen
Andere aanvullende informatie
Voornaamste reden voor de wijziging: Procedure opgeschort naar aanleiding van een klacht, beroep of enige andere actie met het oog op beroep of herziening
Informatie over wijzigingen
Versie van de eerdere aankondiging die moet worden gewijzigd: 71e02267-2cd8-499c-8f0d-34ac3473a56a-01
Bron: OJS 2026/S 104-374879 (2026-06-01)
Nieuwe aankopen in verwante categorieën 🆕
Gerelateerde zoekopdrachten 🔍
Regio:
Nederland Groot-Amsterdam
Producten/diensten:
Software en informatiesystemen Speciale software voor de industrie Medische software