Korte beschrijving
Binnen de laboratoria van het NVWA wordt NGS toegepast voor de diagnose van plant- en voedsel pathogenen (bijvoorbeeld bacteriën, planten virussen, schimmels, insecten en nematoden).
De scope van de opdracht omvat:
)Library preparatie:
— Voor DNA.
— Voor RNA incl. plant rRNA depletie of Poly-A selectie.
)Next Generation Sequencing; DNA en RNA: gemiddeld 600 monsters per jaar:
— Voor short reads (<500 nt) gebruik makend van Illumina Hiseq 4000 en Illumina MiSeq of Illumina NextSeq 500.
— Voor Long reads (>500 nt) gebruik makend van PacBio RS II.
De aanbesteding wordt door het IUC-RIVM namens en voor de NVWA uitgevoerd.