Aanbesteding Sanger Sequencing, Fragment Analyse en Next Generation Sequencing

RIVM

Aanbesteding Sanger Sequencing, Fragment Analyse en Next Generation SequencingHet RIVM voert Sanger sequencing uit op capillaire DNA-sequencers van DNA monsters afkomstig uit uiteenlopende bronnen. In vrijwel alle gevallen zijn de DNA monsters PCR-producten, voornamelijk verkregen via PCR op bacterieel en viraal DNA of cDNA. Sanger sequencing wordt gebruikt om regio's te karakteriseren die van interesse zijn voor identificatie, voor typering of voor analyse van genfuncties. Daarnaast wordt de capillaire DNA-sequencer gebruikt om fragmentanalyses uit te voeren voor multiple-locus variable number tandem repeat analysis (MLVA), single nucleotide polymorphisms (SNPs) voor andere methoden waarbij groottebepaling en detectie van fluorescent gelabelde DNA fragmenten vereist is. Het RIVM wil de Sanger sequencing en fragmentanalyses door derden laten uitvoeren.Next Generation Sequencing en in het bijzonder whole genome sequencing wordt steeds meer een belangrijke activiteit in de analyse van pathogene micro-organismen. Een aantal sequencing platforms wordt gebruikt om whole genome sequences te verkrijgen en de meest frequent gebruikte zijn het Illumina and 454 sequencing-platform. Recent, zijn andere platforms geïntroduceerd en één van de meest veelbelovende is het PacBio platform, ontwikkeld door Pacific BioSciences. Het PacBio platform levert lange leeslengtes, die de assembly van regio's die lange repeterende sequenties zoals insertie-elementen mogelijk maken. Whole genome sequencing, voor pathogenen die door het RIVM gekarakteriseerd worden, wordt uitgevoerd door commerciële partijen of in samenwerkingsstudies door genome sequencing centra zoals bijv. het Sanger Centre. Verder gebruikt het RIVM ook sequenties afkomstig van plasmiden en van grote PCR producten (>10 kb) voor moleculaire analyse van pathogene bacteriën. Daarnaast karakteriseert het RIVM virale genomen of delen daarvan met zogenaamde deep sequencing. Sequentie-data van plasmiden, grote PCR producten en van deep sequencing worden verkregen op dezelfde apparatuur als gebruikt voor whole genome sequencing.Het RIVM doet een aanbesteding voor zowel Illumina als PacBio-sequencing.De aanbesteding bestaat uit: Reguliere Sanger Sequencing Fragment Analysis Next Gen Sequencing.

Deadline

De termijn voor de ontvangst van de offertes was 2013-08-29. De aanbesteding werd gepubliceerd op 2013-07-18.

Wie? Wat? Waar?
Aankoopgeschiedenis
Datum Document
2013-07-18 Aankondiging van een opdracht
Aankondiging van een opdracht (2013-07-18)
Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Titel: Diensten voor technische testen, analyse en adviezen
Hoeveelheid of omvang: Zie www.negometrix.com200 000300 000
Aankondigingsmetadata
Originele taal: Nederlands 🗣️
Documenttype: Aankondiging van een opdracht
Aard van de opdracht: Diensten
Regelgeving: Europese Unie, met GPA-deelname
Gemeenschappelijke woordenlijst overheidsopdrachten (CPV)
Code: Diensten voor technische testen, analyse en adviezen 📦

Procedure
Type procedure: Openbare procedure
Type bod: Inschrijving voor alle percelen
Gunningscriteria
Uit economisch oogpunt voordeligste inschrijving

Aanbestedende dienst
Identiteit
Land: Nederland 🇳🇱
Type aanbestedende dienst: Nationaal of federaal agentschap/bureau
Naam aanbestedende dienst: Rivm
Postadres: Postbus 1
Postcode: 3720 BA
Poststad: Bilthoven
Contact
Internetadres: http://www.rivm.nl 🌏
E-mail: wendy.van.schijndel@rivm.nl 📧
Telefoon: +31 302742430 📞

Referentie
Datums
Verzenddatum: 2013-07-18 📅
Indieningstermijn: 2013-08-29 📅
Publicatiedatum: 2013-07-20 📅
Identificatoren
Aankondigingsnummer: 2013/S 140-243943
PB-S nummer: 140
Aanvullende informatie
Deze aanbesteding verloopt volledig via het platform Negometrix te bereiken via www.negometrix.com. Na kosteloze registratie op Negometrix zult u de benodigde toegang krijgen tot relevantie informatie van deze aanbesteding.

Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Korte beschrijving:
Aanbesteding Sanger Sequencing, Fragment Analyse en Next Generation SequencingHet RIVM voert Sanger sequencing uit op capillaire DNA-sequencers van DNA monsters afkomstig uit uiteenlopende bronnen. In vrijwel alle gevallen zijn de DNA monsters PCR-producten, voornamelijk verkregen via PCR op bacterieel en viraal DNA of cDNA. Sanger sequencing wordt gebruikt om regio's te karakteriseren die van interesse zijn voor identificatie, voor typering of voor analyse van genfuncties. Daarnaast wordt de capillaire DNA-sequencer gebruikt om fragmentanalyses uit te voeren voor multiple-locus variable number tandem repeat analysis (MLVA), single nucleotide polymorphisms (SNPs) voor andere methoden waarbij groottebepaling en detectie van fluorescent gelabelde DNA fragmenten vereist is. Het RIVM wil de Sanger sequencing en fragmentanalyses door derden laten uitvoeren.Next Generation Sequencing en in het bijzonder whole genome sequencing wordt steeds meer een belangrijke activiteit in de analyse van pathogene micro-organismen. Een aantal sequencing platforms wordt gebruikt om whole genome sequences te verkrijgen en de meest frequent gebruikte zijn het Illumina and 454 sequencing-platform. Recent, zijn andere platforms geïntroduceerd en één van de meest veelbelovende is het PacBio platform, ontwikkeld door Pacific BioSciences. Het PacBio platform levert lange leeslengtes, die de assembly van regio's die lange repeterende sequenties zoals insertie-elementen mogelijk maken. Whole genome sequencing, voor pathogenen die door het RIVM gekarakteriseerd worden, wordt uitgevoerd door commerciële partijen of in samenwerkingsstudies door genome sequencing centra zoals bijv. het Sanger Centre. Verder gebruikt het RIVM ook sequenties afkomstig van plasmiden en van grote PCR producten (>10 kb) voor moleculaire analyse van pathogene bacteriën. Daarnaast karakteriseert het RIVM virale genomen of delen daarvan met zogenaamde deep sequencing. Sequentie-data van plasmiden, grote PCR producten en van deep sequencing worden verkregen op dezelfde apparatuur als gebruikt voor whole genome sequencing.Het RIVM doet een aanbesteding voor zowel Illumina als PacBio-sequencing.De aanbesteding bestaat uit: Reguliere Sanger Sequencing Fragment Analysis Next Gen Sequencing.
Toon meer
Hoeveelheid of omvang: Zie www.negometrix.com
Geschatte waarde exclusief BTW: 200 000 💰
300 000 💰
Referentienummer: RIVM2013
Plaats van uitvoering
Hoofdlocatie of plaats van uitvoering: Zie www.negometrix.com

Juridische, economische, financiële en technische informatie
Voorwaarden voor deelname
Geschiktheid om de beroepsactiviteit uit te oefenen: Zie www.negometrix.com tender 8896.
Technische en professionele bekwaamheid: Zie www.negometrix.com tender 8896.
Uitvoering van de opdracht
Vereiste deposito's en garanties: Zie www.negometrix.com tender 8896.
Belangrijkste financieringsvoorwaarden en betalingsregelingen en/of verwijzing naar de relevante bepalingen die daarop van toepassing zijn: Zie www.negometrix.com tender 8896.
Rechtsvorm van de combinatie van ondernemers aan wie de opdracht wordt gegund: Zie www.negometrix.com tender 8896.

Aanbestedende dienst
Contact
Contactpunt: RIVM Hoofdkantoor
Wendy van Schijndel
Adres van het kopersprofiel: https://platform.negometrix.com/PublishedTenders.aspx?tenderid=8896 🌏

Referentie
Identificatoren
Door de aanbestedende dienst toegekend referentienummer: RIVM2013
Bron: OJS 2013/S 140-243943 (2013-07-18)
Nieuwe aankopen in verwante categorieën 🆕
Gerelateerde zoekopdrachten 🔍
Producten/diensten:
Dienstverlening op het gebied van... Diensten voor technische testen, analyse... Analysediensten