Aanbesteding Sanger Sequencing, Fragment Analyse en Next Generation Sequencing
Aanbesteding Sanger Sequencing, Fragment Analyse en Next Generation SequencingHet RIVM voert Sanger sequencing uit op capillaire DNA-sequencers van DNA monsters afkomstig uit uiteenlopende bronnen. In vrijwel alle gevallen zijn de DNA monsters PCR-producten, voornamelijk verkregen via PCR op bacterieel en viraal DNA of cDNA. Sanger sequencing wordt gebruikt om regio's te karakteriseren die van interesse zijn voor identificatie, voor typering of voor analyse van genfuncties. Daarnaast wordt de capillaire DNA-sequencer gebruikt om fragmentanalyses uit te voeren voor multiple-locus variable number tandem repeat analysis (MLVA), single nucleotide polymorphisms (SNPs) voor andere methoden waarbij groottebepaling en detectie van fluorescent gelabelde DNA fragmenten vereist is. Het RIVM wil de Sanger sequencing en fragmentanalyses door derden laten uitvoeren.Next Generation Sequencing en in het bijzonder whole genome sequencing wordt steeds meer een belangrijke activiteit in de analyse van pathogene micro-organismen. Een aantal sequencing platforms wordt gebruikt om whole genome sequences te verkrijgen en de meest frequent gebruikte zijn het Illumina and 454 sequencing-platform. Recent, zijn andere platforms geïntroduceerd en één van de meest veelbelovende is het PacBio platform, ontwikkeld door Pacific BioSciences. Het PacBio platform levert lange leeslengtes, die de assembly van regio's die lange repeterende sequenties zoals insertie-elementen mogelijk maken. Whole genome sequencing, voor pathogenen die door het RIVM gekarakteriseerd worden, wordt uitgevoerd door commerciële partijen of in samenwerkingsstudies door genome sequencing centra zoals bijv. het Sanger Centre. Verder gebruikt het RIVM ook sequenties afkomstig van plasmiden en van grote PCR producten (>10 kb) voor moleculaire analyse van pathogene bacteriën. Daarnaast karakteriseert het RIVM virale genomen of delen daarvan met zogenaamde deep sequencing. Sequentie-data van plasmiden, grote PCR producten en van deep sequencing worden verkregen op dezelfde apparatuur als gebruikt voor whole genome sequencing.Het RIVM doet een aanbesteding voor zowel Illumina als PacBio-sequencing.De aanbesteding bestaat uit: Reguliere Sanger Sequencing Fragment Analysis Next Gen Sequencing.
Deadline
De termijn voor de ontvangst van de offertes was 2013-08-29.
De aanbesteding werd gepubliceerd op 2013-07-18.
Wie?
Wat?
Aankoopgeschiedenis
| Datum |
Document |
| 2013-07-18
|
Aankondiging van een opdracht
|