DNA sequencing

Nederlands Centrum voor Biodiversiteit NCB Naturalis

Most of the Sanger sequencing demand from NCB Naturalis will stem from the institute's high throughput DNA barcode facility, aimed at delivering 27 000 barcodes up to 2014. On average 1 barcode comprises 4 sequencing reactions because of the plant multi-region barcode. In addition, there will be non-barcode sequencing activity probably worth at least 10 plates per year. For this tender this makes therefore an expected Sanger sequencing volume of: 27 000 barcodes x 2 sequencing reactions x (average) two regions = about 110 000 sequences or about 1 150 plates, 2012 until 2014.
Non-barcoding Sanger sequencing will account for 5 x 10 = 50 plates NCB requires the following specifications for the generation of this volume of Sanger data: 'Full sequencing including purification', i.e. NCB submits unpurified amplicons + separate sequencing primers .Sequencing primers have universal tails .NCB does not measure amplicon quality/yield prior to submission .Average 2 plates per day is expected but peak-pressure (up to 50 plates a week) as well as slack-time must be dealt with .Most plates are single- or two-primer reactions but more primers per plate are possible .Occasionally, strips rather than plates may have to be processed as well, in case of separate reactions that, collectively, do not fill-up a plate .Standard read length of 800bp per reaction.Turnover time must not exceed 1 week; for 10 % of the Sanger volume a 2 days (max) turnover must be guaranteed, even when not always needed .At least 1 free re-run for each entire-plate sequencing reaction failure .At least one pick-up a week from the institute, with, in case of travel times >1 hour, samples kept on ice or frozen during transport. NCB must be able to have sequence tracer files named according to own naming system. Fast on-line data transfer back to NCB Naturalis.

Deadline

De termijn voor de ontvangst van de offertes was 2011-11-18. De aanbesteding werd gepubliceerd op 2011-09-29.

Leveranciers

De volgende leveranciers worden genoemd in gunningsbesluiten of andere aanbestedingsdocumenten:

Wie? Wat? Waar?
Aankoopgeschiedenis
Datum Document
2011-09-29 Aankondiging van een opdracht
2012-02-24 Award Aankondiging
Aankondiging van een opdracht (2011-09-29)
Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Titel: Analysediensten
Aankondigingsmetadata
Originele taal: Engels 🗣️
Documenttype: Aankondiging van een opdracht
Aard van de opdracht: Leveringen
Regelgeving: Europese Unie, met GPA-deelname
Gemeenschappelijke woordenlijst overheidsopdrachten (CPV)
Code: Analysediensten 📦

Procedure
Type procedure: Openbare procedure
Type bod: Inschrijving voor alle percelen
Gunningscriteria
Uit economisch oogpunt voordeligste inschrijving

Aanbestedende dienst
Identiteit
Land: Nederland 🇳🇱
Type aanbestedende dienst: Publiekrechtelijke instelling
Naam aanbestedende dienst: Nederlands Centrum voor Biodiversiteit NCB Naturalis
Postadres: Darwinweg 2
Postcode: 2333 CR
Poststad: Leiden
Contact
E-mail: aanbesteding@ncbnaturalis.nl 📧
Telefoon: +31 715687699 📞
Fax: +31 715687666 📠

Referentie
Datums
Verzenddatum: 2011-09-29 📅
Indieningstermijn: 2011-11-18 📅
Publicatiedatum: 2011-10-04 📅
Identificatoren
Aankondigingsnummer: 2011/S 190-310058
PB-S nummer: 190
Aanvullende informatie
The tenderdocuments can be downloaded from this site (free of charge).

Object
Toepassingsgebied van de aanbesteding
Korte beschrijving:
Most of the Sanger sequencing demand from NCB Naturalis will stem from the institute's high throughput DNA barcode facility, aimed at delivering 27 000 barcodes up to 2014. On average 1 barcode comprises 4 sequencing reactions because of the plant multi-region barcode. In addition, there will be non-barcode sequencing activity probably worth at least 10 plates per year. For this tender this makes therefore an expected Sanger sequencing volume of: 27 000 barcodes x 2 sequencing reactions x (average) two regions = about 110 000 sequences or about 1 150 plates, 2012 until 2014.
Toon meer
Non-barcoding Sanger sequencing will account for 5 x 10 = 50 plates NCB requires the following specifications for the generation of this volume of Sanger data: 'Full sequencing including purification', i.e. NCB submits unpurified amplicons + separate sequencing primers .Sequencing primers have universal tails .NCB does not measure amplicon quality/yield prior to submission .Average 2 plates per day is expected but peak-pressure (up to 50 plates a week) as well as slack-time must be dealt with .Most plates are single- or two-primer reactions but more primers per plate are possible .Occasionally, strips rather than plates may have to be processed as well, in case of separate reactions that, collectively, do not fill-up a plate .Standard read length of 800bp per reaction.Turnover time must not exceed 1 week; for 10 % of the Sanger volume a 2 days (max) turnover must be guaranteed, even when not always needed .At least 1 free re-run for each entire-plate sequencing reaction failure .At least one pick-up a week from the institute, with, in case of travel times >1 hour, samples kept on ice or frozen during transport. NCB must be able to have sequence tracer files named according to own naming system. Fast on-line data transfer back to NCB Naturalis.
Toon meer
Beschrijving van de opties:
The term of the Framework Agreement is two (2) years, with two optional extension periods of one (1) year.
Voorlopig tijdschema voor het gebruik van opties: 12 maanden
Aantal mogelijke verlengingen: 2
Referentienummer: NCB/O&O/072011/0011
Plaats van uitvoering
Hoofdlocatie of plaats van uitvoering:
As products (Sanger sequence tracer files) are digital, delivery of, e.g., .ab1 and .seq files will be (in weekly phases) via internet (ftp or otherwise).

Juridische, economische, financiële en technische informatie
Voorwaarden voor deelname
Geschiktheid om de beroepsactiviteit uit te oefenen: See tenderdocuments.
Economische en financiële draagkracht: See tenderdocuments.
Minimumeisen: See tenderdocuments.
Technische en professionele bekwaamheid: See tenderdocuments.
Uitvoering van de opdracht
Vereiste deposito's en garanties: Not applicable.
Belangrijkste financieringsvoorwaarden en betalingsregelingen en/of verwijzing naar de relevante bepalingen die daarop van toepassing zijn: See tenderdocuments.
Rechtsvorm van de combinatie van ondernemers aan wie de opdracht wordt gegund: See tenderdocuments.

Procedure
Looptijd van de raamovereenkomst in jaren: 2
Geldigheidsduur van de inschrijving: 60 dagen
Datum opening inschrijvingen: 2011-11-18 📅
Talen
Taal: Nederlands 🗣️
Engels 🗣️

Aanbestedende dienst
Contact
Contactpunt: Afdeling Inkoop
Dhr. A.A.J.S. Monshouwer

Referentie
Datums
Startdatum: 2012-01-02 📅
Einddatum: 2013-12-31 📅
Identificatoren
Door de aanbestedende dienst toegekend referentienummer: NCB/O&O/072011/0011

Aanvullende informatie
Beoordelingsorgaan
Naam: Rechtbank Den Haag
Land: Nederland 🇳🇱
Informatie over termijnen voor beroep:
. The Tenderer will forfeit its right to submit disputes about the intended award decision to the competent court if a dispute is submitted by serving a summons at the address of the Client later than 15 days after the intended award decision is sent (the date of the letter containing the intended award decision is decisive). Dutch law is applicable.
Toon meer
Bron: OJS 2011/S 190-310058 (2011-09-29)
Award Aankondiging (2012-02-24)
Object
Aankondigingsmetadata
Documenttype: Award Aankondiging

Procedure
Type bod: Niet van toepassing

Referentie
Datums
Verzenddatum: 2012-02-24 📅
Publicatiedatum: 2012-02-29 📅
Identificatoren
Aankondigingsnummer: 2012/S 41-065718
Verwijst naar aankondiging: 2011/S 190-310058
PB-S nummer: 41

Procedure
Gunningscriteria
Criterium: 1. kwaliteit (70)
2. prijs (30)

Gunning van het contract
Datum van sluiting van de overeenkomst: 2011-11-18 📅
Naam: BaseClear BV
Postadres: Einsteinweg 5
Poststad: Leiden
Postcode: 2333 CC
Land: Nederland 🇳🇱
Informatie over aanbestedingen
Aantal ontvangen offertes: 5
Bron: OJS 2012/S 041-065718 (2012-02-24)
Nieuwe aankopen in verwante categorieën 🆕
Gerelateerde zoekopdrachten 🔍
Producten/diensten:
Dienstverlening op het gebied van... Diensten voor technische testen, analyse... Analysediensten